fa مقاله علمی – پژوهشی:‌ شناسایی و اعتبارسنجی نشانگرهای توالی ساده تکراری (SSR) برای ماهی گطان (Luciobarbus xanthopterus) بر پایه داده‌های RNA-Seq ژنتيك و اصلاح نژاد ژنتيك و اصلاح نژاد پژوهشي Research <span style="font-size:11pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">این پژوهش به منظور شناسایی و اعتبارسنجی </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">نشانگرهای توالی ساده تکراری (</span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">SSR</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">) مربوط به گونه ماهی گطان</span></span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">(</span></span></span><i><span dir="LTR" style="color:black">Luciobarbus xanthopterus</span></i><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">) با استفاده از داده‌های </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">RNA-Seq</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> انجام شد. </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">پس از جداسازی بافت کبد، استخراج </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">RNA</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> از نمونه</span></span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">‌‌</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">ها انجام گرفت. نمونه‌ها با استفاده از پلتفرم ایلومینا </span></span></span><span dir="LTR" style="background:white"><span style="color:black">Novaseq 6000</span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">توالی</span></span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">‌‌</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">یابی شدند. </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">برای بازسازی رونوشت‌‌ها، از نرم‌‌افزار </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">Trinity</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> (نسخه 2.15.1) استفاده شد. </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">شناسایی </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">SSRs</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> با استفاده از </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">از پایگاه</span></span></span><span dir="LTR" style="color:black"> MISA </span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">انجام شد. پرایمرهای مورد نیاز در واکنش زنجیره‌ای پلیمراز برای 5 </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">نشانگر </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">SSR</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> با نرم افزار </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">PRIMER 3</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> طراحی و بر 45 ماهی گطان مورد ارزیابی قرار گرفت.</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> سرهم</span></span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">‌‌</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">بندی رونوشت</span></span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">‌‌</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">ها با برنامه </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">Trinity</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، 941،894 یونی ژن و 1،768،662 ترانسکریپت ایجاد کرد. در این مطالعه، بررسی 1،276،825 توالی به‌وسیله نرم</span></span></span><span lang="AR-SA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">‌‌</span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">افزار </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">MISA</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، منجر به شناسایی تعداد 349،871 نشانگر</span></span></span><span dir="LTR" style="color:black"> SSR </span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">شد. در میان </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">SSRs</span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> ، تکرارهای دو و سه نوکلئوتیدی به‌ترتیب با 37/89 درصد</span></span></span> <span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">و 05/8 درصد، بیشترین تعداد تکرار را به‌خود اختصاص دادند. 5 پرایمر مورد استفاده، 2 جایگاه چندشکلی را نشان دادند. هتروزیگوسیتی مورد انتظار و مشاهده شده برای جایگاه </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">MN1359</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> به‌ترتیب 785/0 و 147/0 و برای جایگاه </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">GM1371</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> به‌ترتیب 770/0 و 093/0 محاسبه شد. به‌علاوه، آزمون کای مربع نشان داد که جمعیت برای هر دو جایگاه در تعادل هاردی-&rlm;وینبرگ قرار ندارد. نتایج ارزیابی معیار‌‌های مختلف تنوع ژنتیکی همگی گویای کاهش تنوع در بین جمعیت مورد مطالعه بود. به طور کلی، نتایج این تحقیق نشان داد که </span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">SSRs</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> جدید می‌توانند برای اصلاح نژاد، مطالعات ژنومیک عملکردی و بررسی تنوع ژنتیکی ماهی گطان مفید باشند</span></span></span><span dir="LTR" style="color:black">.</span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"></span></span></span></span></span></span></span> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:17.0pt"><span style="text-autospace:none"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><span style="font-size:12.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">This research was conducted to identify and validate the simple sequence repeats (SSR) markers related to yellowfin barbel (<i>Luciobarbus xanthopterus</i>) using RNA-Seq data. After collecting the liver tissue, RNA was extracted from the samples. The samples were sequenced using the Illumina Novaseq 6000 platform. Trinity software (version 2.15.1) was used to reconstruct transcripts. Identification of SSR was done using the MISA web server. The primers needed in the polymerase chain reaction for 5 SSR markers were designed by PRIMER 3 software and validated using 45 yellowfin barbel. Transcript assembly by the Trinity program generated 941,894 unigenes and 1,768,662 transcripts. In this study, the examination of 1,276,825 sequences by MISA software led to the identification of 349,871 potential SSR markers. Among the SSRs, di- and trinucleotide repeats had the highest number of repetitions with 89.37% and 8.05%, respectively. From the 5 primers used, only two of them showed polymorphism. The expected and observed heterozygosity for the MN1359 locus were calculated as 0.785 and 0.147, and for the GM1371 locus given 0.770 and 0.093, respectively. Moreover, the chi-square test showed that population was not in Hardy-Weinberg equilibrium</span></span></span><span style="font-size:12.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">.</span></span></span><span style="font-size:12.0pt"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"> The results of different genetic diversity criteria showed a decrease in diversity in yellowfin barbel. Generally, this research showed that the new SSRs can be helpful for molecular breeding, functional genomics studies, and the genetic diversity analysis of yellowfin barbel<i>.</i></span></span></span></span></span></span></span> گطان, RNA-Seq, ترانسکریپتوم, توالی‌های ساده تکراری Yellowfin barbel, RNA-Seq, Transcriptome, Simple sequence repeats 15 27 http://isfj.ir/browse.php?a_code=A-10-2882-1&slc_lang=fa&sid=1 Ghazal Mohamadi Ahvazi غزال محمدی اهوازی 71ghazal@gmail.com 1741229685 100319475328460038519 No Faculty of Animal science and Food Technology, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان Mohamad Taghi Beigi Nassiri محمدتقی بیگی نصیری mt_nassiri@yahoo.com 100319475328460038520 100319475328460038520 No Faculty of Animal science and Food Technology, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان Mahmood Nazari محمود نظری m.nazari@asnrukh.ac.ir 100319475328460038521 100319475328460038521 Yes Faculty of Animal science and Food Technology, Agricultural Sciences and Natural Resources University of Khuzestan, Mollasani, Iran دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی خوزستان Ayah sadat Sadr آیه سادات صدر ayeh.sadr@yahoo.com 100319475328460038522 100319475328460038522 No South of Iran Iranian Fisheries Sciences Research Institute پژوهشکده آبزی پروری جنوب کشور (اهواز)