|
مقاله علمی – پژوهشی: اثرات تنطیمی سیس و ترانس LncRNA در بیان افتراقی ژنها طی آلودگی ویروس سپتی سمی خونریزی‌دهنده (Viral Hemorrhagic Septicemia) در ماهی قزل‌آلای رنگین‌‌کمان (Oncorhyncus mykiss)
|
محمود توکلی الموتی1    ، قدرت رحیمی میانجی1 ، اردشیر نجاتی جوارمی2 ، الهام یونسی3 ، ایوب فرهادی* 1 |
1- دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری
2- هلدینگ مبارک اندیش
3- موسسه ژنتیک و بیوتکنولوژی کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران |
|
|
چکیده: (1063 مشاهده) |
| در این مطالعه با استفاده از فناوری RNA-seq اثر تنظیمی سیس و ترانس ژنهای غیر کد شونده بلند (lncRNA) در بیان ژنها در ماهیان آلوده به ویروس سپتی سمی هموراژیک خونریزی‌دهنده (VHS) مورد بررسی قرار گرفت. در پایان دوره آزمایشی (روز سی و پنجم)، RNA کل از بافت طحال (گروه تیمار شده با ویروس) و سرم فیزیولوژی (گروه شاهد) و برای آماده‌سازی کتابخانه برای mRNA-seq، مورد استفاده قرار گرفت. نتایج آنالیز RNA-seq، نشان داد که تعداد 63 ژن lncRNA دارای بیان افتراقی بوده است که با 92 ژن کد شونده به صوت سیس در محدوده 20 هزار باز بالا دست و پایین دست ژنهای مورد نظر ارتباط داشتند. از میان جفت ژنهای کد شونده و lncRNA، آنهایی که همبستگی بیانی بیشتر از مثبت 90 درصد و کمتر از منفی 90 درصد داشتند بهترتیب به عنوان جفت ژنهای با بیان هم‌راستا و غیر هم راستا مورد ارزیابی قرار گرفتند. ژنهای کد شونده Interlukin10،BHLHE41، RBP47، gastrotropin، synaptopodin، OX2 و SMC2 با 8 و 13 ژن lncRNA بهترتیب دارای ارتباط سیس و ترانس بودند. ژنهای Interlukin10، gastrotropin، synaptopodin، OX2، SMC2 و دو ژن RBP47 و BHLHE41 بهترتیب در گروه تیمار ویروسی و گروه شاهد بیان بالاتری نشان دادند. تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژنها نشان‌‌دهنده فعالیت ژنهای سایتوکینی از جمله ژن اینترلوکین 10 بود که در پاسخ‌های التهابی در سیستم ایمنی نقش مهمی دارد. |
|
| واژه‌های کلیدی: ماهی قزل آلای رنگین‌‌کمان، ویروسVHS، RNAseq، lncRNA، سیس و ترانس |
|
|
متن کامل [PDF 986 kb]
(1024 دریافت)
|
نوع مطالعه: پژوهشي |
موضوع مقاله:
ژنتيك و اصلاح نژاد
دریافت: 1401/3/18 | پذیرش: 1401/8/10 | انتشار: 1401/8/10
|
|
|
|
|
|
|
| ارسال پیام به نویسنده مسئول |
|
|
|
| ارسال نظر درباره این مقاله |
|
|
|
.png)
