این تحقیق به منظور ارزیابی سلامت زیستی رودخانه بهمن شیر با استفاده از شاخص نایگارد-پالمر انجام گرفت. نمونه برداری از فیتوپلانکتون ها بوسیله تور پلانکتون گیری 30 میکرون و از 6 ایستگاه در نقاط مختلف رودخانه طی یک سال به صورت ماهانه (شهریور 1392 تا مرداد 1393) انجام شد. در این بررسی از 109 گونه ریز جلبکی، 87 گونه شناسایی شده متعلق به شاخه  باسیلاریوفیتا بود. دیاتومه ها، بیش از 90% نمونه ها را در کل سال به استثنا تیر و مرداد به خود اختصاص دادند. شاخه سیانوفیتا در تیر ماه %19  و در مرداد ماه 37% کل نمونه ها را به خود اختصاص داد. در میان گونه های باسیلاریوفیتا، Coscinodiscus sp. و سپس Coscinodiscus oculus در تمامی ماه ها و عمدتاً در ایستگاه های دریایی مصب بهمن شیر (ایستگاه 5 و 6) غالب بودند. از شاخه سیانوفیت ها، Oscillatoria sp. در ایستگاه های 1 و 2 (ایستگاه های آب شیرین) در تیر و مرداد 1393 دارای فراوانی نسبتاً زیادی بودند. حضور جنس های جلبکی مقاوم به آلودگی همانند Oscillatoria، Navicula، Scenedesmus، Nitzschia، Fragilaria، Pediastrum، Cymbella، Synedra، Gomphonema، Cyclotella، Pinnularia و Spirogyra در ایستگاه های مختلف رودخانه بهمن شیر نشان دهنده آلودگی آب رودخانه به مقادیر بسیار زیاد مواد آلی است. ارزیابی شاخص ساپروبیک نیز مشخص نمود که تمامی ایستگاهها به استثناء ایستگاه 6 (ایستگاه مصبی دریایی) دارای وضعیت آلفا مزو ساپروبیک بودند که نتایج مشابهی نیز توسط شاخص جلبک نایگارد-پالمر حاصل گردید. در نتیجه، وجود فیتوپلانکتون های  مقاوم به آلودگی های آلی در رودخانه می تواند علامت خطری برای کاهش کیفیت آب رودخانه باشد.