مالاشیت گرین(MG) ضدعفونی کننده قوی جهت درمان حملات قارچی در ماهیان است و برای انسان بسیار خطرناک می باشد. در مطالعه حاضر، کیفیت گوشت ماهی قزل آلای رنگین کمان (Oncorhynchus mykiss)و کپور (Cyprinus carpio)از نظر حضور و یا عدم حضور مالاشیت گرین در آن مورد بررسی قرار گرفت. تعداد 8 تیمار با میانگین وزنkg  5/0 و1، مورد آزمایش قرار گرفتند که هر تیمار شامل 4 بار تکرار و هر تکرار شامل 5 نمونه ماهی بوده است.  ماهی قزل آلای رنگین کمان از 2 منطقه هراز و شهرکرد و ماهی کپور از 2 مطقه شمال و جنوب تهیه شدند. نمونه ها از زیر باله پشتی جدا و میزان MG در گوشت ماهیها با روش ELISA اندازه گیری شد. نتایج نشان داد که میزان MG در گوشت ماهی قزل آلای رنگین کمان ‌منطقه هراز، با وزن  kg 5/0 برابر mg/kg 391/0– 139/0 و وزن kg 1، mg/kg   477/0-367/0 می باشد. میزان MG درگوشت ماهی قزل آلای رنگین کمان منطقه شهرکرد، با وزن kg 5/0 برابر mg/kg  680 /0-468/0 و در وزن kg 1 ،  mg/kg 529/0-281/0 اندازه گیری گردید. میزان MG در گوشت ماهی کپور ‌منطقه شمال،  با وزن kg 5/0 برابر mg/kg 338/0 - 330/0 و در وزن kg 1 ، mg/kg 484/0 - 329/0 بدست آمد. میزان MG درگوشت ماهی کپور منطقه جنوب وزن kg 5/0 برابر mg/kg 414/0 - 318/0 و در وزن kg 1 ، mg/kg 334/0 - 298/0 اندازه گیری گردید. داده ها با استفاده از نرم افرار آماری SAS تجزیه و تحلیل گردید و نشان داد که تفاوت معنی داری بین میزان MG در ماهی قزل آلای در اوزان kg 5/0 و 1 هر منطقه وجود ندارد، ولی ماهی kg 5/0 هراز با ماهی kg 5/0شهرکرد تفاوت معنی داری نشان دادند)05/0>p  (و تفاوت معنی داری در میزان MG موجود در گوشت ماهی kg 1 دو منطقه هراز و شهرکرد مشاهده نشد)05/0<(p ، همچنین میزان MG در ماهیان کپور در وزن های 5/0و 1 کیلوگرمی در هر دو منطقه شمال و جنوب تفاوت معنی داری ندارند)05/0<(p