تغییرات ساختار جامعه فیتوپلانکتونی در4 ایستگاه شامل رمچاه(1)، صلخ(2) در بندر لنگه و بستانه(3) و گرزه(4) درمنطقه قشم در طی یک سال(1388) مورد مطالعه قرار گرفت. در این تحقیق پنج گروه(باسیلاریوفیسه ، داینوفیسه ، سیانوفیسه ، کریزوفیسه و اگلنوفیسه) و47 جنس از فیتوپلانکتون ها شناسایی شدند.گروه باسیلاریوفیسه (6/79 درصد) نسبت به سایر گروه ها وجنس ریزوسولنیا(5/42 درصد) نسبت به سایرجنس ها از فراوانی بیشتری برخوردار بوده اند. محدوده تغییرات سالیانه شاخص های زیستی مارگالف، پیلو، شانون و سیمپسون در این تحقیق بترتیب برابر56/2-58/0، 97/0-08/ 0، 6/2- 23/0و 93/0-09/0 بوده است. نتایج آنالیز واریانس چند متغیره نشان داد که تغییرات زمان(فصل) بر فراونی فیتوپلانکتون ها و هر یک از شاخص های زیستی محاسبه شده معنی دار بوده است(p<0.05). نتایج آنالیز خوشه ایی نشان داد که ایستگاههای رمچاه، گرزه و صلخ و بستانه بر اساس میزان ضریب تشابه هر کدام در یک خوشه قرار دارند. باتوجه به نتایج بدست آمده مناطق مورد مطالعه از نظر شرایط اکولوژیک دارای رتبه متوسط و جامعه فیتوپلانکتونی از تنوع و غنای نسبتا خوبی برخوردار می باشد.