fa مقاله علمی – پژوهشی:‌ اثرات تنطیمی سیس و ترانس LncRNA در بیان افتراقی ژن‌ها طی آلودگی ویروس سپتی سمی خونریزی‌دهنده (Viral Hemorrhagic Septicemia) در ماهی قزل‌آلای رنگین‌‌کمان (Oncorhyncus mykiss) ژنتيك و اصلاح نژاد ژنتيك و اصلاح نژاد پژوهشي Research <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:16.0pt"><span style="direction:rtl"><span style="unicode-bidi:embed"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">در این مطالعه با استفاده از فناوری </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">RNA-seq</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> اثر تنظیمی سیس و ترانس ژن‌‌های غیر کد شونده بلند (</span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">lncRNA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">) در بیان ژن‌‌ها در ماهیان آلوده به ویروس سپتی سمی هموراژیک خونریزی‌دهنده </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">(VHS)</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> مورد بررسی قرار گرفت. در پایان دوره آزمایشی (روز سی و پنجم)، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">RNA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> کل از بافت طحال (گروه تیمار شده با ویروس) و سرم فیزیولوژی (گروه شاهد) و&nbsp; برای آماده‌سازی کتابخانه برای </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">mRNA-seq</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، مورد استفاده قرار گرفت. نتایج آنالیز </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">RNA-seq</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، نشان داد که تعداد 63 ژن </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">lncRNA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> دارای بیان افتراقی بوده است که با 92 ژن کد شونده به صوت سیس در محدوده 20 هزار باز بالا دست و پایین دست ژن‌‌های مورد نظر ارتباط داشتند. از میان جفت ژن‌‌های کد شونده و </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">lncRNA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، آنهایی که همبستگی بیانی بیشتر از مثبت 90 درصد و کمتر از منفی 90 درصد داشتند به‌ترتیب به عنوان جفت ژن‌‌‌‌های با بیان هم‌راستا و غیر هم راستا مورد ارزیابی قرار گرفتند. ژن‌‌های کد شونده </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">Interlukin10</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">،</span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">BHLHE41</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">RBP47</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">gastrotropin</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">synaptopodin</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">OX2</span></span><span style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> و </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">SMC2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> با 8 و 13 ژن </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">lncRNA</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> به‌‌ترتیب دارای ارتباط سیس و ترانس بودند. ژن‌های </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">Interlukin10</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">gastrotropin</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">synaptopodin</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">OX2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">، </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">SMC2</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> و دو ژن </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">RBP47</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> و </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">BHLHE41</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black"> به‌‌ترتیب در گروه تیمار ویروسی و گروه شاهد بیان بالاتری نشان دادند. تجزیه و تحلیل هستی‌شناسی ژن</span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">‌‌</span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">ها نشان‌‌دهنده فعالیت </span></span></span><span lang="FA" style="font-size:12.0pt"><span b="" compset="" style="font-family:"><span style="color:black">ژن‌‌های سایتوکینی از جمله ژن اینترلوکین 10 بود که در پاسخ‌های التهابی در سیستم ایمنی نقش مهمی دارد. </span></span></span><span dir="LTR" new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black"></span></span></span></span></span></span></span> <span style="font-size:11pt"><span style="line-height:16.0pt"><span style="font-family:Calibri,sans-serif"><span new="" roman="" style="font-family:" times=""><span style="color:black">In this study the cis and trans regulatory effect of long non-coding genes (lncRNA) on the expression of genes in fish infected by Viral hemorrhagic septicemia virus (VHS) was investigated using RNA-seq technology. At the end of experimental period (the thirty fifth day), total RNA was extracted from spleen tissue (group treated with virus) and physiological serum (control group) was used to prepare the library for RNA-seq. After library preparation, sequencing was carried out by Illumina High Seq 2500 platform. The results of RNA-seq analysis showed that 63 lncRNA genes had differential expression that were associated with 92 cis coding genes in the range of 20k up and downstream sites of the target genes. Among the pairs of coding and non-coding genes, those with both more than 90% and less than 90% expression correlations were considered as positive and negative co-expression genes, respectively. The coding genes such as Interlukin10, BHLHE41, RBP47, gastrotropin, synaptopodin, OX2, and SMC2 were associated with cis and trans with 8 and 13 lncRNA genes, respectively. Interlukin10, gastrotropin, synaptopodin, OX2, and SMC2 genes had higher expression in the virus-treated group. The two genes RBP47 and BHLHE41 were more expressed in the control group. Gene ontology analysis showed the activity of cytokine genes, including interleukin 10 gene, which plays an important role in inflammatory responses in the immune system.</span></span></span></span></span> ماهی قزل آلای رنگین‌‌کمان, ویروسVHS, RNAseq, lncRNA, سیس و ترانس Rainbow trout fish, VHS virus, RNA-seq, lncRNA, Cis and trans 1 14 http://isfj.ir/browse.php?a_code=A-10-2772-1&slc_lang=fa&sid=1 Mahmoud Tavakoli alamouti محمود توکلی الموتی Mtavakoli4030@gmail.com 0310009871 100319475328460035399 No دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ghodrat Rahimi mianji قدرت رحیمی میانجی grahimimianji@yahoo.com 100319475328460035400 100319475328460035400 No دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری Ardeshir Nejati javaremi اردشیر نجاتی جوارمی ardeshir.nejati@gmail.com 100319475328460035401 100319475328460035401 No هلدینگ مبارک اندیش Elham Younesi الهام یونسی eyonesi@gmail.com 100319475328460035402 100319475328460035402 No موسسه ژنتیک و بیوتکنولوژی کشاورزی طبرستان، دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری، ساری، ایران Ayoub Farhadi ایوب فرهادی ayoub_farhadi@ymail.com 100319475328460035403 100319475328460035403 Yes دانشگاه علوم کشاورزی و منابع طبیعی ساری