این مطالعه برای تعیین ساختار جمعیت فیتوپلانکتون، عوامل محدود کننده غیر زیستی در شکوفائی فیتوپلانکتون و تعیین سطح تروفی بین سالهای 1392 و 1393 در دریاچه چیتگر انجام گردید. براساس مشخصات دریاچه نمونه ها از 5 ایستگاه در پیکره آبی جمع آوری گردیدند. در این مطالعه 35 گروه فیتوپلانکتونی شامل دیاتوم ها Bacillariophyta (12 جنس)، جلبک های سبز Chlorophyta  (15 جنس)، جلبک سبز- آبی Cyanophyta (4 جنس)، جلبک دو تاژکدار Dinoflagellata  (2 جنس)  و جلبک طلایی - قهوه ای  Chrysophyta (1 جنس) شناسائی گردیدند یافته ها نشان داد، دیاتوم ها با میانگین فراوانی 230000 ± 2060000 سلول در لیتر غالب فیتوپلانکتون (84 درصد فراوانی) دریاچه چیتگر بوده است. فراوانی سالانه فیتوپلانکتون 304000 ± 2550000 سلول در لیتر  با بیشترین میزان در بهمن 92 (450000 ± 440000 سلول در لیتر) بود. آنالیز PCA  نشان داد، جنسهای  Cyclotella، Achnanthes  از شاخه  دیاتوم ها و  Dinobryon از شاخه کریزوفیتا غالب جنس ها را با کمترین تغییرات در اجتماعات فیتوپلانکون داشته اند. همچنین براساس آنالیز CCA  نیتروژن کل و دمای آب از مهمترین پارامتر در افزایش تراکم Cyanophyta و Dinoflagellata  در دریاچه چیتگر است. بطورکلی دریاچه چیتگرکمترین جمعیت فیتوپلانکتون را در مقایسه با سایر دریاچه ها داشته است و در گروه دریاچه های الیگوتروف با سطح تروفی بسیار کم قرار دارد.