افزایش جمعیت، توسعه صنایع، تغییر اقلیم و آلاینده­ های محیط زیستی باعث کاهش کیفیت منابع آب در دسترس گردیده است. امروزه، محدودیت منابع آب شیرین و حفظ کیفیت آنها بزرگترین چالش فرا روی مدیریت منابع آب است. به منظور بررسی کیفیت آب رودخانه تجن با استفاده از شاخص‌های ‌NSFWQI، BMWP، ASPT و هلسینهوف، تعداد ۴ ‌ایستگاه نمونه برداری در امتداد مسیر رودخانه انتخاب و بصورت ماهانه با تناوب ۳ تکرار در هر ایستگاه از اردیبهشت ۱۳۹۰ تا فروردین ۱۳۹۱ نمونه‌­برداری‌‌ در آنها انجام شد و شاخص­های فوق براساس داده­های حاصل محاسبه گردید. شاخص ‌ NSFWQIکیفیت آب رودخانه را در طبقه فقیر، شاخص BMWP کیفیت آب رودخانه را در دو طبقه متوسط (ایستگاه­های ۲، ۱ و ۳)‌ و فقیر (ایستگاه ۴)، شاخصASPT  کیفیت آب رودخانه را در دو طبقه مشکوک به آلودگی و آلودگی متوسط و شاخص هیلسنهوف کیفیت‌ آب رودخانه را در دو طبقه کیفی نسبتا ضعیف و ضعیف قرار داد. بر اساس نتایج حاصل از این مطالعه، کیفیت آب رودخانه تجن در طبقه کیفی متوسط تا خیلی‌ بد قرار گرفت.