۳ نتیجه برای توالی یابی
فریدون چکمه دوز قاسمی، محمد پورکاظمی، مهتاب یارمحمدی، محمد حسن زاده صابر، احمد غرقی، لیلا عزیز زاده پرمهر،
دوره ۲۳، شماره ۲ - ( ۴-۱۳۹۳ )
چکیده
هدف از این بررسی ارزیابی ساختار ژنتیکی و جمعیتی تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus) سواحل جنوبی دریای خزر و رودخانه سفیدرود با ناحیه کنترلی میتوکندریایی (ژن D-loop) و روش توالی یابی DNA ذخایر تاسماهیان سواحل جنوبی دریای خزر طی سال های ۱۳۹۱ – ۱۳۸۸ بود. روش کار شامل نمونه برداری توسط تور ترال کفی، استخراج DNA، واکنش های زنجیره ای پلیمراز و توالی یابی محصول PCR بود. شاخص های تنوع مولکولی، شاخص توزیع شکل گاما، شاخص Fst که نشاندهنده جدایی جمعیت ها می باشد، آزمون دقیق فرضیه صفر مبنی بر مستقل بودن جمعیت ها، گسترش و پراکنش تاریخ جمعیتی با دو روش تست تاجیما و تست Fu Fs محاسبه، تجزیه و تحلیل و نتایج زیر بدست آمد: ۱۳ هاپلوتایپ، تنوع هاپلوتایپی یا ژنی۱۰۱/۰ ± ۹۶۱/۰، تنوع نوکلئوتیدی ۰۱۵/۰±۰۳۸/۰، شاخص توزیع شکل گاما ۱۹/۰، مقدار Fst یا فاصله جمعیتی در سطح احتمال ۰۵/۰ بین مناطق نمونه برداری اندک بود که پس از ۱۰۰۰۰ تکرار فراوانی هاپلوتایپی فقط نمونه های سفیدرود با سایر نواحی نمو نه برداری اختلاف معنی دار داشت و آزمون تفاوت در داخل جمعیت ها این مسئله را مورد تأیید قرار داد. تاریخچه جمعیتی تاسماهی ایرانی غیر معین و شبیه به مدل بسط ناگهانی بود و مقدار کم شاخص راجرز و هارپندینگ (۰۶۱/۰) آن را تأیید نمود. آزمون های بی طرفی تاجیما و شاخص Fu Fs بین مناطق به ترتیب ۸۴/۰- و ۲۲۰/۰- بود که هر دو شاخص منفی و معنی دار نبودند. نتایج نشان داد که جمعیت تاسماهی ایرانی رودخانه سفیدرود جدا از سایر مناطق دیگر می باشد و با توجه به یکسان بودن جمعیت ها در مناطق دیگر، بایستی مدیریت ما هیگیری بمنظور افزایش تنوع ژنی و افزایش ذخایر جمعیت های مختلف این ماهیان با ارزش قبل از انقراض کامل آنها، اعمال گردد.
فاطمه حسن تبار، فرید فیروزبخش، سید محمد جلیل ذریه زهرا، کیم تامپسون،
دوره ۲۷، شماره ۶ - ( ۱۲-۱۳۹۷ )
چکیده
بیماری نکروز عصبی ویروسی، یکی از مهمترین بیماری‌‌های ویروسی با گسترش جهانی در ماهیان دریایی و پرورشی دنیا محسوب می‌‌شود و تا به امروز بیش از ۷۰ گونه حساس ماهی به این بیماری شناسایی شده است. هدف از این پژوهش ردیابی و شناسایی سریع ویروس مذکور با استفاده از روش Nested RT-PCR از بافت مغز کفال ماهیان دریای خزر بود. در طول فصل صید در سال ۱۳۹۵ تعداد ۴۰ قطعه کفال طلایی (Liza aurata) در محدوده وزنی ۵۰ تا ۲۵۰ گرم با علائم مزمن بیماری از سواحل دریای خزر جمع آوری شدند و پس از جداسازی بافت مغز و استخراج RNA ویروس، با استفاده از روش ترانس کریپتاز معکوس، سنتز cDNA از روی RNA ژنوم ویروس صورت گرفت. سپس با روش Nested RT-PCR و با استفاده از دو جفت آغازگر اختصاصی F۲/R۳ و NF۲/NR۳ طی دو مرحله، قطعه مورد نظر تکثیر و توالی یابی شد. پس از بهینه سازی شرایط، واکنش PCR با استفاده از نمونه‌‌ی کنترل مثبت، در PCR مرحله ی اول (RT-PCR) در هیچ یک از نمونههای مشکوک کفال ماهیان باند مورد نظر مشاهده نشد. اما در دور دوم PCR (Nested RT-PCR ) در ۲۰ مورد از ۴۰ نمونه کفال ماهیان یک باند واضح bp ۳۰۰ مشاهده شد. براساس نتایج بنظر می‌‌رسد که Nested RT-PCR میتواند به عنوان روشی مناسب برای تشخیص سریع سطوح پایین آلودگی و همچنین یک روش مناسب و کاربردی برای شناسایی ماهیان حامل آلوده و به ظاهر سالم در نظر گرفته شود. همچنین نتایج حاصل از توالی یابی نشان داد که ویروس مورد نظر در کفال ماهیان دریای خزر، متعلق به ژنوتیپ RGNNV می‌باشد.
سجاد نظری، محمد پورکاظمی، مجیدرضا خوش خلق،
دوره ۲۹، شماره ۱ - ( ۱-۱۳۹۹ )
چکیده
هدف از تحقیق حاضر بررسی تعیین ساختار ژنتیک جمعیت تاسماهی ایرانی (Acipenser persicus) دریای خزر با روش توالییابی قطعه ناحیه کنترلی DNA میتوکندریایی بود. برای این منظور، تعداد ۴۵ نمونه باله تاسماهی ایرانی از آبهای ساحلی مناطق مختلف دریای خزر جمعآوری گردید. ناحیه کنترلی با استفاده از روش PCR تکثیر و توالی یابی با استفاده از روش استاندارد انجام پذیرفت. تعداد ۱۲هاپلوتیپ متفاوت در بین نمونههای بررسی شده، مشاهده گردید. تنوع هاپلوتایپی و نوکلئوتیدی در نمونه ها بهترتیب برابر با ۰۳۷/۰ ± ۷۹۵/۰ و ۰۰۴۶/۰ ± ۰۰۶۲/۰ بدست آمد. بیشترین تعداد هاپلوتایپ (۷ عدد) در بین نمونههای رودخانه سفیدرود بود که از این تعداد ۳ هاپلوتایپ A، B و E اختصاصی بوده و در سایر مناطق مشاهده نشدند. نتایج تجزیه و تحلیل شاخص تثبیت (FST) بر اساس روش دوپارامتری و آنالیز واریانس مولکولی (AMOVA) نشان داد که نمونه های رودخانه سفیدرود با نمونه های مناطق روسیه و آذربایجان اختلاف معنیداری دارند (۰۰۱/۰ > P) و در نهایت وجود سه جمعیت شناسایی گردید. با توجه به تنوع بالای موجود در ناحیه کنترلی، توالی این ناحیه میتواند به عنوان یک نشانگر مناسب برای شناسایی و تعیین واحدهای حفاظتی و مدیریتی ذخایر جمعیتهای احتمالی تاسماهی ایرانی به کار گرفته شود و همچنین می تواند اطلاعات ارزشمندی از کاربرد روشهای مولکولی را به منظور ژنتیک حفاظت این گونه ارائه نماید.
.png)
