فیتوپلانکتون ها از تولیدکنندگان اولیه بسیار مهم تالاب انزلی میباشندکه نقش قابل توجهی در کیفیت آب این اکوسیستم داشته و توالی و تراکم آنها پیوسته نیاز به مطالعه دارد .این بررسی در 6 ایستگاه و در دوره زمانی اسفند1389 تا بهمن1390بصورت ماهانه انجام شد. براساس نتایج 67 جنس از شاخه های  Bacillariophyta(22 جنس)، Chlorophyta (26 جنس)، Cyanobacteria (9 جنس)، Euglenophyta (5 جنس)، Chrysophyta (1 جنس)، Dinoflagellata (2 جنس)، Cryptophyta (1 جنس) وXanthophyta (1جنس )  مورد شناسایی قرارگرفتند. نتایج نشان دادکه فراوانی فیتوپلانکتونی در ایستگاههای سرخانکل وکرکان به ترتیب با میانگین سالانه 6/5 ±4/24 و4/5 ± 4/20 میلیون سلول در لیتربیشترین مقدار بوده است. شاخه Bacillariophyta خصوصا جنس  Cyclotella درتمامی ایستگاهها غالب بوده اما در ایستگاه کرکان فراوانی زیاد Cyanobacteria با جنس غالبOscillatoria از تیرماه تا اواسط آبانماه باعث شده که میانگین سالانه این شاخه بیش از Bacillariophyta باشد، که احتمالا ناشی از بار مواد مغذی کمتر در این ناحیه می باشد.  بطورکلی میانگین فراوانی فیتوپلانکتونی در شهریور بیش از ماههای دیگر و در آذرکمترین مقدار بوده است. تعداد جنسهای شناسایی شده و تنوع جنس در این بررسی کمتر از مطالعات قبلی بوده است.